Wie im ursprünglichen Minecraft-Videospiel erkunden die Spieler in Minecraft: Builders & Biomes die Oberwelt, bauen Strukturen und schürfen Ressourcen, um Punkte zu sammeln. Diese Punkte erhalten sie für den Bau von Strukturen und für die größten zusammenhängenden Biome (Wald, Wüste, Gebirge oder Schneetundra) auf ihren Spielbrettern.

Bekannte Feinde wie Endermen, Creeper und andere Mobs erscheinen ebenfalls im Spiel und müssen mit Waffen besiegt werden, die man während des Spiels sammelt. Das Besiegen der Mobs bringt den Spielern zusätzliche Punkte und Belohnungen. Die Wertung erfolgt, wenn die Schichten des Ressourcenwürfels abgebaut sind. Sobald die dritte Schicht erschöpft ist, endet das Abenteuer, und der Spieler mit den meisten Punkten gewinnt.

Die Wertung erfolgt dreimal im Spiel, jeweils nachdem der letzte Block aus der ersten, zweiten und dritten Ebene des Bauwürfels entfernt wurde. In der ersten Runde wählt man eines der vier Biome (Wald, Wüste, Gebirge oder Schneetundra) und erhält Punkte für das größte zusammenhängende Gebiet dieses Bioms auf dem eigenen Spielbrett. Das Brett ist bereits mit Biomefeldern bedruckt, und durch das Platzieren von Gebäuden auf diesem Brett kann man das Biom eines Feldes verändern. In der zweiten Runde wählt man eines von drei Materialien (Holz, Sand, Stein oder Obsidian) und erhält Punkte für die größte zusammenhängende Gruppe von Strukturen auf dem eigenen Brett, die aus diesem Material bestehen. In der dritten Runde gibt es Punkte für die größte zusammenhängende Gruppe von Strukturen (Dekoration, Wohnhaus, Tierhaus oder Brücke) auf dem eigenen Brett. Nach der dritten Runde werden Bonuspunkte für die gesammelten Mobs gezählt.